A história da DP World Santos se inicia no ano de 1994, quando o Grupo Coimex (primeiro acionista) adquiriu a área de aproximadamente um milhão de metros quadrados na área continental de Santos, na margem esquerda do Porto, dando início a criação da Embraport (Empresa Brasileira de Terminais Portuários). O objetivo da empresa, na época, era construir um terminal privado e potencializar o desenvolvimento econômico do Porto de Santos.
A partir de 1998 iniciaram-se também os estudos de impacto ambiental, que resultaram no desenvolvimento de uma série de Programas Ambientais, e a aprovação das licenças e autorizações para que o terminal pudesse iniciar as obras. Em 2007, teve início a construção de um aterro piloto para estudo do solo da região.
Um passo importante foi dado em 2009, com a entrada de dois acionistas: Odebrecht Transport e a Dubai Ports World (DP World). Já em 2010, as obras se intensificaram e seguiram em plena expansão até o final do primeiro semestre de 2013, quando foi concluída a primeira fase do projeto. No dia 3 de julho do mesmo ano, o Terminal celebrou o início das operações com a chegada do primeiro navio, o Mercosul Manaus.
Em dezembro de 2017, um novo passo foi dado. A DP World adquiriu a parte adicional de 66,67% da empresa que pertencia a Odebrecht Transport, aumentando sua participação acionária para 100% e oficializando a transição de nome da Embraport para DP World Santos.